Kalkedon Konsilin’deki anlaşılmazlıklar, kilisenin bölünmesine neden olmuştu. Bir tarafta Batı kiliseleri, İsa’nın Tanrısal ve insansal doğalarını, Kalkedon’daki amentüye göre tanımlıyordu. Diğer tarafta ise, Doğu Monofizitçi kiliseler bu amentüyü reddedip, Kirilios’un (μία φύσις, “mia physis”- tek esas/doğa) formülünü kullanıyorlardı.
Bizans imparatorları için en korkutucu şey, ilahiyatçıların bir konuda uzlaşamamasıydı. “Tek Tanrı- Tek İmparator- Tek İmparatorluk- Tek Din” felsefesi ve dünya görüşünün üzerine inşaat edilen bir siyasi düzen için, dinde ayrılık demek, siyasi düzenin çökme olasılığı demekti. Bundan dolayıdır ki; konsillerin tarihinde İmparatorlar genellikle hangi görüşün doğru olup olmadığından ziyade, dini görüşün birliğine ve uzlaşmaya önem vermişlerdir. Fakat episkoposların derdi her zaman farklıydı. Episkoposlar ne pahasına olsun görüşlerinden taviz vermeden, gerçekleri savunmaya kararlıydı.
M.S. 482 yılında İmparator Zeno, Batı ve Doğu kilisesinin düştüğü bu ayrılığı onarmaya çabalayan ilk imparator oldu. Zeno’nun teşvikiyle Konstantinopolis Patriği Akakios “Henotikon” adını alan bir birlik beyanı yayınladı. Bu yazı Efthikes ve Nestorius’un sapkınlıklarını kınıyor; Kirlios’un 12 aforozunu onaylıyor; ama İsa’nın doğasıyla ilgili konuyu belirsizce tanımlıyordu. Amaç, her iki tarafı uzlaşmaya davet etmekti. Fakat her iki tarafın episkoposları da bu teşebbüsü bir hakaret olarak algıladı ve bu deneme daha fazla düşünce ayrılığına sebep oldu.
M.S. 543 senesinde, bu defa İmparator Justinianos, aynı doğrultuda çalışmaya başladı. Doğu kilisesinin gönlünü kazanmak ve birliği teşvik etmek için, Justinianos 3 tane aforoz ilan etti: Bunlar Misisli (Mopsuestia) Theodor’un kendisi ve eserleri, Antakyalı Theodoret’in Kirilios’a karşı yazdığı argümanları ve Urfalı İbas’ın Maris’e yazdığı bir mektupta yer alan Kirilios’a karşı sözlerden oluşuyordu. Yazılar ilahiyat içeriği açısından bazı sıkıntılar taşısa da, Batılı episkoposlar bu kararları pek beğenmedi ve bu kararları, Kalkedon Konsiline karşı yapılmış bir saldırı olarak algıladı. Nitekim Theodoret ve İbas, Kalkedon Konsili’nde yazılan amentüye imzalarını atmış episkoposlardı. Tartışmalar çoğaldıkça yeni bir konsilin oluşturulmasına gerek duyuldu.
M.S. 553 yılında Konstantinopolis Patriği Efthikios’un Başkanlığında II. Konstantinopolis toplandı. Konsilde toplanan 152 episkopos vardı, ama bunların sadece 16’sı Batılıydı. O dönemde Konstantinopolis’te bulunan Papa Vigilius bu sayının kiliseleri eşit bir şekilde temsil etmediği için Justinianos’a itirazda bulundu. Justinianos bu isteği kayda almadı ve konsil her halükarda başladı. Bu kararı protesto eden Vigilius, böylece bu konsilde yerini almadı. Fakat konsilden 6-7 ay sonra yazdığı bir yazıda konsilin kararlarını onayladığını dile getirdi. Konsilde, Justinianos’un emrettiği aforoz episkoposlarca görüşüldü ve onaylandı.
Konsil, Justinianos’un beklediği gibi patrikhanelerin uzlaşması ve birleşimiyle sonuçlanmadı. Justinianos’un ölümünden 100 yıl sonra, Doğu Hristiyanları ilahiyat tartışmalarından çok Arap istilaları gibi daha ciddi bir sorunla karşı karşıya geleceklerdi. İslam’ın yayılmasıyla birlikte, Doğu Hristiyanlarının artık iki seçeneği vardı: ya İslam’ı kabul edeceklerdi ya da kendi ilahi görüşlerine sadık kalacaklardı. Artık iş işten geçmişti. Bizans imparatorlarının teşebbüsleri bir sonraki Ekümenik Konsilde devam etse de, birliği aramak anlamsızlaşıyordu ve ipler hemen hemen kopma noktasına gelmişti.