Patrik Kirilios’un ölümünden iki sene sonra, (M.S. 444) Efthikes adındaki bir rahip, Nesturî öğretişlerinin Konstantinopolis’te yayılmasını önlemek isterken, yeni bir öğretiş yaymaya başladı. Efthikes’e göre; Mesih İsa’nın ilahi ve insan doğaları kaynaşmıştı. Yani Mesih İsa’nın iki doğası değil, tek doğası (φύσις, physis) vardı ve bu tek doğada Tanrısal doğa insani doğayı bir nevi yutmaktaydı. Böyle bir durumda doğan, fiziksel acı çeken, ölen İsa’nın insani doğası olmuyor, ilahi doğası oluyordu.
O dönemin Konstantinopolis Patriği Flavian, içine kapanık sessiz bir adamdı. Efthikes ise harika bir konuşmacı ve son derece karizmatikti. Gün geçtikçe ilahiyat görüşü daha fazla yayılıyor ve gelişiyordu. Zamanla bu yeni öğretiş tepki çekmeye başladı. Efthikes’in en ciddi eleştirmenleri Dorylaeumlu (Eskişehirli) Eusebius ve Antakyalı Theodoret idi. Her ikisi de bu öğretişin Efes Konsili’ndeki kararlarla uyuşmadığını belirtti. Neticesinde Kasım 448 yılında, Konstantinopolis'deki yerel bir sinod sırasında, Efthikes Dorylaeum Episkoposu Eusebius tarafından kâfir ilan edildi. Efthikes bu karara itiraz etti ve kendisini bir konsilde savunmak istedi. Nihayetinde bu konsil, 449 senesinde yine Efes’te toplandı.
2. Efes Konsili tarihçiler tarafından “Latrocinium” yani “Hırsız Konsil” olarak adlandırılır ve kararları Kalkedon konsili tarafından geçersiz kılınmıştır. Bunun sebebi konsilin son derece şüpheli ve alışılmışın dışında bir prosedür izlemesidir. Bu konsilin öne çıkan ve başkanlık eden ismi, daha sonra Kalkedon konsilinde aforoz edilecek olan İskenderiye Patriği Dioskoros’dur. Bazı tarihçiler bu konsilin Diskorus‘un siyasi hırslarına kurban gittiğini düşünür. 127 episkoposun toplandığı bu gayri-resmi konsilde Dioskoros Leo’nun Tomarı olarak bilinen Papa I. Leo’nun yazılı açıklamasının okunmasına müsade etmedi; Dorylaeumlu (Eskişehirli) Eusebius’un kendisini savunmasına şans tanımadı ve davanın odağını Efthikes’ten ziyade, Konstantinopolis patriği Flavian ve Dorylaeumlu Eusebius’un üzerine çevirdi. Nihayetinde bir oylama yapıldı: Efthikes aklandı, Flavian ve Eusebius ise suçlu bulundu.
Efthikes, bu gayri-resmi konsilde, kendisini ustaca savundu. Bir önceki konsillerin kararlarına bağlı kaldığını söyledi ve sözlerinin yanlış anlaşıldığını veya çarpıtıldığını vurguladı. Efthikes’in argümanları İskenderiyeli episkoposlar için oldukça ikna edicicydi. Bunun sebebi Efthikes’in “physis” kelimesini kullanmasından kaynaklanıyordu.
Bir önceki İskenderiye patriği Kirilios, III. Ekumenik Konsilin karalarını popülarite kazanmış bir cümle ile özetlemişti: “Beden almış Kelam tek doğaya (“physis”) sahiptir.”
“Physis” (φύσις) Yunan doğa tanrıçasının isminden türeyen bir kelimedir. “Physis” fiziki dünya ve maddeler için kullanılan bir terimdir. Türkçedeki “tabiat” veya “doğa” kelimesine benzer. Felsefi ve mecazi bir anlamda kullanıldığı taktirde ise başka bir anlam çıkar. Nasıl ki, Türkçe'deki “doğa” kelimesi bir kişiden bahsederken, mecazi bir anlamda o kişinin huylarını, karakterini, ya da eğilimlerini kastedebiliyorsa; “Physis” kelimesinin mecazi yönü, bir canlının altında yer alan ‘varlık’ anlamına da gelebiliyordu.
Kirilios’un kastettiği “physis” kelimesinin mecazi yönüydü; yani, Beden almış kelamın tek bir varlık olmasıydı. Efthikesin kastettiği “physis” ise, daha çok kelimenin maddesel anlamı, yani Tanrısal Kelam ve insansal doğaların maddesel olarak karışmış olmalarıydı. “Physis” kelimesinin mecazi anlamına alışık olan İskenderiyeli episkoposlar için Efthikes’in argümanları son derece inandırıcı ve doğru görünüyordu.
Konumuza geri dönecek olursak, bu konsilin prosedürleri ve almış olduğu kararlar büyük tepki çekti. Nihayetinde 2 sene sonra, 451 yılında Kalkedon kentinde, (günümüz Kadıköy) bu kararları gözden geçirmek için yeni ve 370 episkoposun katılımıyla coğrafik olarak daha temsili ve kapsamlı bir konsil gerçekleşti.
8 Ekim 451 yılında, yeni Bizans imparatoru Marcian’ın emriyle, Kalkedon’da 4. Ekümenik Konsil gerçekleşti. Aslında bu son dakikada yapılmış bir değişiklikti. İlk başta, konsilin toplanacağı yer İtalya, daha sonra İznik olarak belirlenmişti. Ama Hunların Roma’ya karşı yaptıkları istila ve baskınlar son anda konsilin adresini değiştirmiş oldu.
Kalkedon konsili, “Hırsız Konsil” olarak da bilinen II. Efes konsilindeki tutanakları gözden geçirdikten sonra, kararlarını geçersiz kıldı. II. Efes Konsili’nde okunmayan, Papa I. Leo’nun mektubunun (“Leo’nun Tomarı”) okunmasına müsaade etti. Mektup son derece başarılı bir şekilde Mesih’in kimliğini tanımlıyordu, fakat 3 cümle bazı kesimler tarafından şüphe içinde karşılandı. Böylelikle Konstantinopolis Patriği Anatolius’un başkanlığındaki bir komite, Leo’nun yazısını Efes Konsili’nde Kirilios tarafından kaleme dökülen 12 aforoz cümlesiyle karşılaştırdı. 5 günlük bir çalışmadan sonra, oybirliğiyle Leo’nun mektubu, Kirilios’un görüşleriyle uyumlu olduğu saptandı.
Bir sonraki adım, İskenderiyeli Patrik Dioskoros’u işlediği suçlardan ötürü yargılamaktı. Fakat Dioskoros yargı kürsüsüne çıkmayı reddetti. Böylece İmaparator Marcian, Dioskoros’u sürgüne gönderdi. Disoskoros’un yokluğunda İskenderiyeli episkoposlar baş temsilcilerinden yoksun kalmışlardı.
Konsildeki episkoposlar Leo’nun mektubunu onayladıklarını beyan eden bir anlaşmayı imzalamaya başladı, fakat İskenderiyeli episkoposlar, bunu imzalamayı ilk başta reddetti. Temel sorun, yine “physis” kelimesiydi. Kalkedon’daki episkoposlar İsa’nın tanrısal ve insansal doğalarını “physis” kelimesiyle tanımlıyordu. Fakat “physis” kelimesinin mecazi anlamına alışık İskenderiyeli episkoposlar buna itiraz ediyordu. İskenderiyeli episkoposlara göre, Kalkedon’daki episkoposlar İsa’yı iki varlığa bölüyordu ve de Kirilios’un (“mia-physis”) inanç formülünden uzaklaşıyorlardı. Kalkedon’daki diğer episkoposlar ise “physis” kelimesinin yanlış anlamlara müsaade ettiği için “varlık” tanımı için “ousia” (οὐσία) kelimesini öneriyorlardı. “Ousia” kelimesi daha çok metafizik manalar taşıyan bir terimdi ve Kalkedon’daki episkoposlar bu kelimenin Kirilios’un kastettiği düşünceyi daha isabetli bir şekilde aktardığını düşünüyordu.
Her iki taraf birbirini suçlamaya başladı. İskenderiyeliler Kalkedon’daki episkoposların Kirilios’un formülünden (μία φύσις, mia physis) uzaklaşıp iki varlıklı bir Mesih yarattıkları için sapkınlaştıklarını iddia ediyordu. Kalkedon’daki episkoposlar ise, Kirilios’un manasına sadık kaldıklarını, ama İskenderiyeli episkoposların “physis” kelimesinde ısrar ederek kendilerini “Monofizit” yani “tek doğacı” yaparak, sapkınlık işlediklerini ve Efthikes yanlısı olduklarını iddia ediyordu.
İskenderiyeli episkoposlar kararları imzalasa da, İskenderiye’ye büyük tepkilerle döndüler. İskenderiyeliler Kalkedon’un kararını bir sapkınlık olarak algılıyordu ve böylece İskenderiye’de bir isyan hareketi başlamış oldu. Bugünlerde İskenderiye, (Kıpti kilisesi olarak adlandırdığımız kilise) bu hareket ile diğer kiliselerden ayrılmış oldu.
Konsil, Kalkedon inanç amentüsü ve 30 maddeyle sonuçlandı. Efthikes ve Nestorius’un görüşleri tekrardan sapkın ilan edildi. Amentüde kullanılan şu cümle ise İskenderiyeliler ve Kalkedoncular arasında ayrılığa neden oldu: “Bir ve tek Mesih, Oğul, Rab, biricik doğmuş olan; karıştırılmamış, değiştirilmemiş, bölünmemiş, ayrılamamış iki doğaya (physis) sahiptir [İng. “to be acknowledged in two natures, inconfusedly, unchangeably, indivisibly, inseparably”; Gr. “ἐν δύο φύσεσιν ἀσυγχύτως, ἀτρέπτως, ἀδιαιρέτως, ἀχωρίστως”; Lat. “in duabus naturis inconfuse, immutabiliter, indivise, inseparabiliter”].
Bu görüş ayrılığı, zamanla sosyo-kültürel ve siyasi nedenlerden dolayı derinleşmeye başladı. İskenderiye’de başlayan ayaklanma, Bizans’ın doğu bölgelerinde hızla yayılmaya başladı. Neticesinde, Doğu Hristiyanları veya “Monofizit” kiliseler olarak adlandırılan kiliseler (Ermeni Apostolik, Süryani Kadim, İskenderiye Kıpti ve Habeş kiliseleri) Batı Hristiyanlarından (Ortodoks, Katolik, Protestan kiliseleri diye bildiğimiz kiliseler) zaman içinde ayrıldı.
Son yüzyılda, bu ayrılığın yaraları, yavaş yavaş da olsa, onarılmaya başlanmıştır. Mesela, 1984 senesinde Süryani Kadim Kilisesi‘nin Patriği I. Mar Ignatius Zakka ve Papa II. Jean Paul ortak bir uzlaşma beyanı imzalamışlardır. Ayrıca 1990 yılından beri, zaman zaman toplanan ortak komisyonlar, kiliselerin birbirlerine okuduğu aforozları iptal edip, Mesih’in kimliğiyle ilgili olan görüşlerini, ortak inanç açıklamalarıyla pekiştirmişlerdir.