Birçok yerde Luther’in yaşamının hem içten hem de dıştan gelen sıkıntılarla dolu olduğunu gördük. Bütün sıkıntıları, sevinçleri gibi, Allah’tan gelen iman denemeleri olarak kabul ediyordu. Böyle denemeleri, Luther sıkıntı olarak adlandırırdı. Kendisi bu sıkıntılardan geçtiği için, sıkıntıda olanların başarılı bir avutucusu oldu.
Luther’in en sıkıntılı olduğu dönem 1527 yılı idi. Bu sıkıntılar, çağrıldığı görevle ilgiliydi. Luther, tüm otoriteyi yıkarak kendini Allah’ın sözüne güvenmeye bıraktı. Kendi düşüncelerinin doğru olduğunu ve diğerlerininkinin yanlış olduğunu nereden bilebilirsin? Hollanda’da onun öğretilerini kabul edenlerden kimileri şehit olmuştu. Almanya’da tüm özgürlüğü sarsan karışıklık, anarşi, kan dökme başlamıştı. Anabaptistler onun reformunun yarı yolda kaldığını düşünüyorlardı. Çünkü hâlâ ortada gözle görülen bir yetki, Allah’ın sözü vardı. Onlar, bunu da bırakmak istediler. Yalnızca Allah’ın doğrudan doğruya vicdanlarına konuştuğu, ‘içlerindeki Allah sözüne’ güvenmek istediler. Hemen hemen bir yıl boyunca bu sıkıntı onu sardı. Sonucu da güçsüzlük ve kalp krizleriydi. Sıkıntıları gidinceye dek kardeşlerinden avuntu ve dua istiyor, sık sık günahlarını itiraf ediyordu. “Allah sıkıntıya yöneltir, uygun gördüğü zaman sıkıntıyı kaldırır” derdi.
On yıl sonra, benzeri bir sıkıntı yine Luther’i sardı. Hastalık nöbetleri öyle ağırlaştı ki, ölüm haberleri bile yayılmaya başladı.
1540 yılında yeni bir sıkıntı baş gösterdi. Luther’in güvenilir iş arkadaşı Melanchton birden hastalandı. Luther yanına geldiği zaman ölmek üzereydi. “Allahım, İblis bu Allah aracısını nasıl ezmiştir!” diye haykırdı Luther. Genellikle yaptığı gibi, açık pencerenin önüne geldi. Allah’tan iş arkadaşını geri istedi: “Çantamı Allah’ın kapısının yanına atıp, kulaklarını, Kutsal Kitap’tan bildiğim tüm duaların yanıtlanmasına ilişkin ayetlerle yordum. Beni dinlemek zorunda olduğunu, çünkü aksi takdirde sözlerine inanamayacağımı belirttim.” Sonra yalnızca ölmek isteyen arkadaşının yanına gitti, yemek getirdi, onu yemek yemeye zorladı. “Şimdi bana bak, Filip, yemezsen seni aforoz ederim!” dedi. Gerçekten Melanchton iyileşti. Luther tek başına gerçekleştiremeyeceği işi tamamlayabilmek için arkadaşını geri istedi.
İki yıl sonra Luther, dünyadaki en değerli varlığı Magdalena’nın yaşaması için dua etti. Ama yalvarışları gerçekleşmedi. Magdalena’nın ölümünden sonra, Luther kendisi de sonsuz yaşamı bekleyerek, yaklaşan ölümünü özlüyordu. Kutsal Kitap’ın, “Hazinen neredeyse, yüreğin de orada olacaktır” sözleri sonsuzluk anlamını kazanıyordu. Luther, yaşlı, yorgun, düş kırıklığına uğramış, sinirli bir kişi oldu. 1544 yılında bir daha dönmemek üzere Wittenberg’i terk etmekle oradakilere gözdağı veriyordu, ancak uzun yalvarmalar sonucu geri döndü.
Doğum gününden sekiz gün önce 1545 yılında Luther on yıl boyunca verdiği Yaratılış kitabı ile ilgili derslerini bitirdi. Bu yazılardan 11 büyük cilt oluşturuldu. Bu yazılarda yaşlı, yorulmuş, hayal kırıklıklarının önünde boyun eğen adam derin ve avutucu sözler konuşuyor. Yusuf’un tarihi ile ilgili açıklama Allah’ın değişmeyen merhametini ve sadakatini övüyordu. Öğrenciler etkilenmiş bir şekilde bitiş sözlerini dinlediler: ‘Bu sevgili Yaratılış kitabıydı. Rab Allahımız sonra gelenlerin benden daha iyi açıklamasını sağlasın. Ben artık yapamıyorum, zayıfım. Siz Allah’a dua edin ki bana iyi, huzurlu bir son an versin.’
1545 yılının sonbaharında Mansfeld kontları, Luther’i miras anlaşmazlıklarını çözmeye çağırdılar. Hasta olmasına karşın, 1546 yılının Ocak ayında çağrıyı kabul ederek doğduğu kent olan Eisleben’e gitti. Yaklaşan ölümü hissediyordu, yakınlarının yanında olmak için iki oğlunu yanına aldı. “Eisleben’den döndükten sonra tabutun içine yatacağım ve kurtların şişko doktoru yemesine izin vereceğim” dedi. Saale Irmağı’nın taşması, yolculuğu geciktirdi. Luther soğuk aldı, ama sonra iyileşti.
Kente vardığı zaman, Luther’i çetin ve başlangıçta umutsuz görülen bir görev bekliyordu: Kavga eden iki kardeşin barıştırılması... Düş kırıklığına uğrayan Luther, dönme hazırlıkları içindeydi ki, görüşmelerde bir sonuca varıldı. Anlaşma birkaç ufak ayrıntı dışında hazır olduğu zaman, Luther birden ağır hastalandı. Kimi akrabalarını ziyaret etmekten mutluluk duyuyordu. Birçok kez de vaaz ediyordu. Son vaazı, Luther’in hastalığı dolayısıyla iptal edildi. Eşine cesaret verici mektuplar yazarak kötü düşüncelerini dağıtmaya çalıştı. Şubat ayının on yedisinde Luther birden Justus Jonas’a şöyle dedi: “Ben Eisleben’de doğdum, vaftiz olundum, burada kalmama ne dersin?”
Aynı gün anlaşma imzalandı. Luther’in görevi bitmişti. Çok seviniyordu, ama kendisini yorgun, güçsüz hissediyordu. Birçok kez pencerenin önüne çıkıp uzun süre ve yüksek sesle dua etti. Özellikle sevdiği yurdunun kilisesinde, İncil’in müjdesinin saf olarak korunması için dua ediyordu.
Akşam yemeğinde sonsuz yaşam ve orada nasıl bir daha birbirimizle karşılaşacağımız konusunda tatlı ve avutucu sözler söyledi. Yatak odasına girdiğinde, oğullarıyla birlikte pencerenin önünde dua etti. Birden bir nöbet geçirdi, arkadaşları onu sıcak giysilerle ovdular. Bir daha yatak odasına girince, kapıda şöyle dedi: “Sadık Allahım, sen beni satın aldın, canımı senin ellerine teslim ediyorum.” Biraz uyudu, saat on sularında arkadaşlarının yatağının ucunda toplandığını görünce şaşırdı. Mansfeld kontlarından biri, belediye doktorlarının ikisi, belediye kâtibi odaya geldiler. Saat birde Luther çok üşüdüğünü söyledi, odanın ısıtılmasını istedi. Ölümünün yaklaştığını bildiğini söyledi. Durmadan alçak sesle dua eden Luther, gücü azalınca Almanca değil, çocukken öğrendiği Latince olarak dua ediyordu. Çoğu kez Mezmurlar’ın şu sözlerini yineliyordu: “Sadık Allahım, sen beni satın aldın, canımı senin ellerine teslim ediyorum.” Atardamarlarına Katarina’nın gönderdiği merhem ovulduktan sonra rahatladı, sessizce yatıyordu. O zaman Justus Jonas onun üzerine eğilerek şöyle sordu: “Sayın baba, Mesih’e ve O’nun öğrettiklerine, vaaz ettiğiniz gibi güvenerek ölmek istiyor musunuz?” Herkesin duyabildiği yüksek sesle, “İstiyorum” diye yanıt verdi. Bu son sözüydü. Kısa süren bir felç, 1546 yılının Şubat ayının on sekizinde, sabah saat 2.45’te sessizce yaşamını söndürdü.
Luther’in ölümü, tüm Protestan dünyasını sarstı. Katolikler güçleniyorlardı. Protestanlar tarafında Luther’in yerini alacak, kavga eden grupları birleştirebilecek bir kişi yoktu. Savaş korkusu artmıştı, daha sonra kan dökülmeye başlandı. Luther, bunu görmeden kurtuldu.
Luther’in cenazesi Eisleben’den Wittenberg’e taşınırken, her köyde kilise çanları çalıyordu. Yol kenarına toplanan halk kendi babasını yitirmiş gibi ağlıyordu. Cenaze alayı bir kilisede durduğu zaman cemaat Luther’in, “Derin sıkıntıda yardım...” ilahisini söylüyordu. Wittenberg’te dul karısının ve çocuklarının da katıldığı alay ile cenaze şato kilisesine taşındı.
Luther’in mezarı, Wittenberg şatosu kilisesinde, dünyayı altüst eden tezlerini çiviyle çaktığı yerin yakınındadır. Cenaze törenindeki konuşmasında Melanchton acısını şu sözlerle belirtti: “Biz şimdi, sevgili ve iyi babasını yitirmiş olan zavallı ve tek başına bırakılmış öksüzler gibiyiz.”